中国科大与其他高校的合作十分密切，体现在科研项目、访学交流、联合办学等多个方面。例如，中国科大的教授与其他高校、研究所包括国外的高校和研究所的研究团队有非常广泛的科研项目合作，共同攻坚克难，也取得了很多亮眼的成果。

除此之外，中国科学技术大学、北京大学、复旦大学、上海交通大学、南京大学、浙江大学、西安交通大学、哈尔滨工业大学等高校之间搭建了C9暑期学校交流项目，学生可以利用暑期到其他高校学习体验。学校的特色班级之一——“中国科大-协和医学英才班”通过强强联合，发挥中国科大基础宽厚实的人才培养特色和学科优势与北京协和医学院医学教育水平，瞄准世界科技前沿和国家重大战略需求，致力于培养兼具多学科背景的复合型医学人才。

在中国科大，人人有机会参加国际交流，学校100%提供资助。学校为所有赴境外参加交流活动的学生提供一次往返国际旅费，并根据交流项目性质分类提供不同程度的生活补贴。中国科学技术大学与世界50余个国家、200多所海外知名高校和机构建立了深入合作，为学生提供多样化的交流选择。

同时，校园内也举办各类国际交流活动，比如大师论坛、国际周、国家主题日、未来科学家夏令营等等，增加与不同国家师生交流的机会，拓展本科生的国际视野。